Ghost at School menceritakan kisah Satsuki Miyanoshita, yang bergerak dengan keluarganya ke kota kelahiran almarhum ibu nya. Pada hari pertama sekolah, Satsuki, kakaknya Keiichirou, anak kelas satu, tetangga mereka Hajime Aoyama, Momoko Koigakubo, dan Leo Kakinoki mengunjungi sekolah yang ditinggalkan berdekatan dengan kompleks sekolah mereka saat ini dan menemukan fakta bahwa bangunan tersebut berhantu.
Hal ini segera terungkap bahwa ibu Satsuki adalah yang bertanggung jawab untuk menyegel beberapa hantu yang menghantui tidak hanya sekolah tetapi juga kota, dan sekarang mereka dilepaskan karena urbanisasi yang terjadi di daerah sekitarnya. Ibu Satsuki meninggalkan sebuah buku yang merinci bagaimana cara untuk mengusir hantu. Pada episode pertama,Satsuki menghadapi setan yang disebut Amanojaku.Meskipun Amanojaku tidak ingin membantu Satsuki pada awalnya, bahaya segera mengancam untuk menyelubungi kota dan semua diserahkan kepada Satsuki, teman-temannya dan Amanojaku untuk menghentikan semua hantu.
